El 11 de junio de 1955, el clero católico, opositor de Juan Perón y uno de los causantes del golpe que lo volteó días después, organizó una gran manifestación por Corpus Christi. Perón culpó a la oposición clerical por la quema de una bandera nacional.
En junio de 1955 la cuestión eclesial se puso al rojo vivo, debido a la oposición del alto clero conservador a las políticas del gobierno. El clero hizo centro en cuestiones morales que rozaban al presidente a propósito de jóvenes nucleados en la Unión de Estudiantes secundarios (UES)
A pesar de la prohibición policial para realizar la reunión de Corpus Christi una multitud se reunió ante la Catedral de Buenos Aires, en la plaza de Mayo, el día 11. Distintos grupos marcharon por las calles hasta el Congreso, luego de la manifestación apareció una bandera argentina quemada. Ambos bancos se acusaron mutuamente. Para el 14 la CGT decretó un paro general en desagravio a la bandera, a la vez el gobierno detuvo y expulsó a los que consideró principales responsables del levantamiento eclesial, los monseñores Tato y Novoa.
Tanto el acto del 11 como la marcha por la calle Florida del 6 de mayo, eran un abierto desafío al gobierno, el 13 de junio en un discurso Perón realiza una confesión: “En cierto momento pensé que la oligarquía estaba vencida…”. Pero se había equivocado, no sólo no estaba derrotada sino que preparaba su retorno azuzando la causa del petróleo y los problemas con la Iglesia.
En un acto desarrollado el 14 de junio convocado por la CGT, Perón intentó apaciguar los ánimos pidiéndole a los trabajadores que no actúen por su cuenta: “yo les pido a los trabajadores que en los asuntos que se están suscitando en estos días, me dejen a mí para que juegue el partido… No ha llegado el momento de hacer nada todavía. Si llegase, yo he de dar oportunamente la orden. Producir ahora cualquier acción o disturbio sería ‘gastar pólvora en chimangos’ cosa que no queremos hacer”.
Mientras el tema eclesial estaba en su mayor acaloramiento se produjo el bombardeo del 16 de junio en la plaza de Mayo, con la secuela de muerte y destrucción, en ese clima algunos provocadores salieron a quemar Iglesias. En un reportaje realizado por el diario La Nación el 29 de agosto Perón afirmaba “El incendio de las Iglesias, en su totalidad práctica, monumentos nacionales de inestimable valor emotivo e histórico para los argentinos, sólo puede definirse como un acto de barbarie tan torpe e injustificado, pese a las circunstancias en que fueron perpetrados. En mi calidad de Jefe de Estado y católico, considero que lamentarlo sólo no es suficiente. Por eso he ofrecido a las autoridades eclesiásticas la reparación por cuenta del estado de los daños sufridos.”
A pesar de estas declaraciones, el primer ministro británico, Winston Churchill, una vez liquidado Perón en 1955 resumió así su actuación. "El único católico que quemó su iglesia y el único general que quemó su bandera"