El 30 de junio de 1810 la Primera Junta mediante un decreto redactado por Mariano Moreno, Martín Jacobo Thompson fue nombrado primer Capitán de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata, registró AIM.[{adj:11662 alignright}]

Esta fecha se toma como el acta de nacimiento oficial de la actual Prefectura. Por eso cada 30 de junio se conmemora el día de la Prefectura Naval Argentina.

El coronel Martín Jacobo Thompson, primer jefe de la Capitanía de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata, nació en Buenos Aires el 23 de abril de 1777, hijo de Pablo Thompson y Tiburcia López Escribano.

En 1805 contrajo enlace con María Josefa Petrona Sánchez, dama porteña de extraordinaria influencia, cultura, belleza y sensualidad, que la hacían irresistible, precursora de la igualdad jurídica de las mujeres, en cuyo salón se gestó la revolución de Mayo de 1810.

Pasó a la historia, que todavía no la tiene suficientemente valorada, como sí supieron hacerlo sus contemporáneos, con el nombre con que era conocida entonces: Mariquita Sánchez de Thompson.

El salón de los Thompson constituyó el centro de reunión de las artes y de los idearios políticos de los patriotas que reconquistaron la ciudad durante las invasiones inglesas y que luego gestaron la revolución de Mayo.

Trascendió también por haberse entonado el himno nacional Argentino por primera vez, en mayo de 1813.

Producido aquel movimiento emancipador, la Primera Junta incorporó a la Capitanía de Puerto (actual Prefectura) como institución patria el 30 de junio de 1810 mediante decreto de esa fecha redactado de puño y letra por el secretario de la Junta, Mariano Moreno, por el cual se completa la organización de la faltante autoridad marítima argentina y se nombra a Thompson para conducir sus destinos.

En aquel cargo, Thompson dictó las primeras medidas y reglamentos nacionales, tanto para organizar la institución que dirigía como para satisfacer las medidas de policía de seguridad de la navegación y de los puertos, prevención de la contaminación de las aguas, instrucción de sumarios por acaecimientos de la navegación, delitos y contravenciones, prevención y represión del contrabando, entre otras misiones que en su conjunto constituyen el mismo espectro funcional de la actual Prefectura Naval Argentina.

El coronel Martín Jacobo Thompson, de regreso a la patria, al cabo de una misión diplomática en los Estados Unidos, falleció en navegación el 23 de octubre de 1819. El mar es custodio de sus restos mortales. Parece que ya en los Estados Unidos dio muestras de serio desequilibrio mental, lo que hizo que su esposa dispusiera repatriarlo. Pero fue confinado en la bodega del barco que lo traía e increíblemente olvidado allí, lo que provocó su muerte en viaje. Fue arrojado al mar no lejos del lugar donde el mismo destino sufrió Mariano Moreno.

¿Qué es la Prefectura?

La Prefectura Naval Argentina es una fuerza de seguridad dependiente del Ministerio de Seguridad de la Nación.

A modo de síntesis funcional, se la puede definir como una institución policial de características especializadas, dirigidas al ejercicio del servicio público de policía de seguridad de la navegación, policía de seguridad y orden público, policía judicial y de la jurisdicción administrativa de la navegación. Interviene también, en lo que es de su competencia, en todo lo relativo a la policía de preservación del medio ambiente, la policía de la caza y pesca marítima y fluvial y ejerce, por delegación, funciones de policía auxiliar aduanera, migratoria y sanitaria.

La Prefectura posee no sólo un dilatado ámbito geográfico de actuación caracterizado por problemáticas locales particulares, sino también un vasto espectro funcional de alta complejidad técnica, aplicable a un entorno mutable por el creciente desarrollo tecnológico. En este contexto, la seguridad de la vida humana y bienes en las aguas, puertos y costas es un elemento superior que subyace en toda circunstancia, demandando respuestas oportunas y precisas. Para satisfacer estos requisitos, la Prefectura ha adoptado una estructura que responde al concepto de centralización normativa y descentralización ejecutiva.