El 11 de abril de 1870 una partida asesinó en su palacio San José, a unos 20 kilómetros de Concepción del Uruguay, al general Justo José de Urquiza.

Urquiza era un hábil militar y exitoso comerciante, que había logrado enriquecerse enormemente y acumular mucho poder. Fue el primer presidente constitucional de la Argentina en 1854. El federalismo lo consideraba un traidor por la capitulación, frente a Mitre, en la batalla de Pavón, de la que se retiró al tranco cuando Mitre había huido y la caballería entrerriana había destrozado un flanco del ejército porteño.

El día del crimen una partida de cincuenta hombres al mando de Simón Luengo llegó a caballo y redujo la guardia del Palacio. Urquiza intentó defenderse con un fusil, pero fue herido de un disparo en la cabeza y rematado con cinco puñaladas. Ese mismo día eran asesinados en Concordia también sus hijos Justo Carmelo y Waldino; los dos eran amigos íntimos de López Jordán, lo que parece probar que los asesinos no actuaron por orden de López Jordán.

La muerte de Urquiza se relacionó con sus actitudes políticas: la retirada de la batalla de Pavón, su neutralidad frente al bombardeo de Paysandú por mitristas y brasileños; su participación en la guerra contra el Paraguay; las maniobras para evitar la elección de López Jordán y la entrega de la recaudación de impuestos en manos de un particular.

José Hernández, autor del Martín Fierro, dijo: "Urquiza, era el Gobernador Tirano de Entre Ríos, pero era más que todo, el jefe traidor del Partido Federal, y su muerte, mil veces merecida, era el justo castigo del jefe traidor.