El 30 de junio de 1810 la Primera Junta,  mediante un decreto redactado por Mariano Moreno, nombró a  Martín Jacobo Thompson primer Capitán de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata.

Esta fecha se toma como el acta de nacimiento oficial de la actual Prefectura. Por eso cada 30 de junio se conmemora el Día de la Prefectura Naval Argentina.

El coronel Martín Jacobo Thompson, primer jefe de la Capitanía de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata, nació en Buenos Aires el  23 de abril de 1777, hijo de Pablo Thompson y  Tiburcia  López Escribano.

En 1805 contrajo enlace con María Josefa Petrona Sánchez, dama porteña de extraordinaria influencia, cultura, belleza y sensualidad, que la hacían irresistible, precursora de la  igualdad jurídica de las mujeres, en cuyo salón se gestó la revolución de Mayo de 1810.

Pasó a la  historia, que todavía no la tiene valorada como  supieron hacerlo sus contemporáneos,  con el nombre con que era conocida entonces: Mariquita Sánchez de Thompson.

El salón de los Thompson constituyó el centro de reunión de las artes y de los idearios políticos de los patriotas que reconquistaron la  ciudad durante las invasiones inglesas y que luego gestaron la revolución de Mayo.

Trascendió también por haberse entonado el himno nacional  argentino por primera vez, en mayo de 1813.

Producido aquel movimiento emancipador, la Primera Junta incorporó a la  Capitanía de Puerto (actual Prefectura) como institución patria el 30 de  junio de 1810 mediante decreto de esa fecha redactado de puño y letra por el secretario de la Junta, Mariano Moreno, por el cual se completa la   organización de la faltante autoridad marítima argentina y se nombra a  Thompson para conducir sus destinos.

En aquel cargo, Thompson dictó las primeras medidas y reglamentos nacionales, tanto para organizar la institución que dirigía como para satisfacer las medidas de policía de seguridad de la navegación y de los  puertos, prevención de la contaminación de las aguas, instrucción de  sumarios por acaecimientos de la navegación, delitos y contravenciones,  prevención y represión del contrabando, entre otras misiones que en su conjunto constituyen el mismo espectro funcional de la actual Prefectura  Naval Argentina.

El coronel Martín Jacobo Thompson, de regreso a la patria, al cabo de una  misión diplomática en los Estados Unidos, falleció en navegación el 23 de  octubre de 1819, víctima aparentemente de una crisis nerviosa. El mar es custodio de sus restos mortales. Parece que ya en los Estados Unidos dio muestras de serio desequilibrio mental, lo que hizo que su esposa dispusiera repatriarlo. Pero fue confinado en la bodega del barco que  lo traía e increíblemente olvidado allí, lo que provocó su muerte en viaje. Fue arrojado al mar no lejos del lugar donde el mismo destino sufrió Mariano Moreno.