El 13 de junio de  1859  el presidente de México, Benito Juárez, declaró propiedad nacional todos los bienes de la Iglesia  católica.

Como ministro de Justicia con Álvarez presidente, Benito Juárez expidió una ley conocida comúnmente como Ley Juárez  el 23 de noviembre de 1855. Esta ley coarta el fuero y los derechos especiales del ejército y de los eclesiásticos.

La norma o desconoce los tribunales especiales del clero religioso e instaura el Tribunal Superior de Justicia en el Distrito de México, donde los clérigos tendrían que ser juzgados por asuntos civiles. Por motivos de negociación política el presidente Álvarez decide que los delitos penales de los miembros de la iglesia deben ser juzgados en tribunales eclesiásticos. Aun así, la relevancia de esta ley es que sienta las bases para las demás Leyes de Reforma al suprimir el fuero eclesiástico, lo cual trae consigo el enojo de la Iglesia Católica en México, del Vaticano y de los grupos conservadores del país.

Juárez era masón, iniciado en el  Rito Nacional Mexicano en la logia llamada “Independencia” el 15 de Enero de 1847, durante la Guerra de Intervención Norteamericana

Los masones se  opusieron firmemente a los privilegios que conservaba la iglesia católica, apoyando la secularización del Estado impulsada  por los liberales

Los masones consideraan que el clero  iba en contra de sus ideales pro-humanistas y liberales, aunque también se contraponía a sus intereses económicos tanto individuales como colectivos en México. Ellos acusan y denuncian la riqueza excesiva de la iglesia católica en México, justificándose el pasaje bíblico de Mateo 22:21 donde Jesús dice: “Dad, pues al César lo que es del César, y a Dios lo que es de Dios”, siendo este el argumento religioso que utilizaban para proclamar la separación del Estado y la iglesia, delimitando el poder eclesiástico sobre la sociedad y el Estado.

Benito Juárez impulsó primero como diputado, después como Ministro de Estado y posteriormente como Presidente de la República, la secularización estatal de la iglesia. Aunque conservó la religión católica, esta no coincidía, concebía, ni permitía el enriquecimiento abusivo de la iglesia católica a costa del Estado y la sociedad mexicana.

En contraparte la iglesia católica, desde los inicios de la masonería, mantuvo una posición anti-masónica, probablemente al verla como un riesgo a su soberanía absoluta sobre la población mundial y a sus intereses económicos. De esta forma para cuando la masonería llega a México entre el s. XVIII y s. XIX, la iglesia es su principal opositora. Es por eso que la iglesia católica lo considera enemigo y traidor de la iglesia y la religión, acusándolo además de incongruente por profesar la fe católica y promover la masonería y  la instalación de iglesias protestantes en México.

Para el 12 de julio de 1859, ya como presidente, Juárez expide la Ley sobre la Nacionalización de los Bienes Eclesiásticos, quitándole a la iglesia católica todas sus propiedades en México. En 1860 se expide la Ley de Libertad de Culto, la cual permitía profesar cualquier otra religión a parte de la católica como una medida para contrarrestar la influencia de la iglesia en México.

Como parte de esta disposición, Juárez impulsó la entrada, establecimiento y desarrollo de la iglesia protestante en México.